株式会社ミナトデジタルワークスの就業規則によれば、従業員の健康診断は年に**2回実施されます**。具体的な時期としては、4月1日から翌年3月31日までを第1期、4月1日から翌年9月30日までを第2期とし、それぞれの期間に一度実施されます。

費用負担については、健康診断および特定保健指導の費用は**会社が全額負担します**。これにより、従業員は自己負担なしで健康診断を受けることができます。

また、特定保健指導の対象者については、医師の判断により適切な指導プログラムが提供され、その費用も会社が負担します。